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宇宙移民與宇宙戰爭的歷史—宇宙世紀終結後，時光飛逝，人們迎來新的歷史Regild Century(R.C.)，並開始了繁榮與和平的生活。
RC1014年，聳立大地連接地球和宇宙的軌道天梯Capital Tower(首都塔)，從宇宙中爲人類帶來作爲地球能量之源的Photon Battery，故被視爲是聖地。
其守護組織Capital Guard候補生貝爾利·傑納姆在初次飛行的時候遭到所屬不明MS G-SELF的攻擊。貝爾利使用維修檢查用MS與其交戰併成功捕獲。
然而貝爾利對G-SELF的駕駛者，名爲アイーダ・レイハントン的宇宙海賊少女產生了某種感覺。
不滿足特定條件便不會啓動的G-SELF對貝爾利產生了某種反應。
宇宙海賊和アイーダ的目的、被G-SELF選中的貝爾利的命運、令RC全體動搖的真相——這一切只不過是Reconguista的開始。